Ja das kann sein, das durch doppelte mounts, etc das fielsystem immer kaputt wurde - link von /media/cf auf /media/hdd ist ja kein großes problem.
Wobei ich eher die hddparam in der bootup im verdacht hätte - die sind natürlich für CF Karten (stichwort standby) nicht ideal - einfach auskommentieren im /etc/init.d/bootup
Wozu glaubst du ist im BA Plugin das backup/restore der config dabei - das funktioniert genauso wie im enigma2 - 1x damit auf /media/ba/backup sichern und dann in jedem image von dort mit dem BA Plugin restoren - und bei Bedarf geht das auch automatisch wenn du bapostinst enablest.
Aber das steht auch so in der BA doku
LG
gutemine