Ich würde erstmal die SD am Rechner formatieren ,dann auch mal schauen ob du eventuell einen leeren mount hast unter /media ,kann sein das da auch altlasten sind und ich weiß auch nicht was das user script eventuell gemacht hat bzw. du damit angestellt hast (hab das nie auf der Box gehabt).
Ich kann nur von mir ausgehen und hatte mit dem GP Manager und meinen Medien nie wirklich Probleme beim einhängen oder nutzen und ich nutze das seit sehr vielen Jahren.