Wenn Du die Daten verschiebst, machst Du Dir den Flash voll. /media/hdd ist lediglich ein Ordner auf Deinem Flash, in welchen die Festplatte montiert wird. Ein einfaches Booten Deiner Box sollte alles wieder so hinbringen, wie Du es gewohnt bist.
Und für permanent Timeshift bei einer 8000 würde ich auf jeden Fall eine SSD einbauen. Ausreichend SATA Ports hat die 8000 ja. Ich habe zB Festplatte, SSD und DVD Laufwerk in meiner 8000. Die CF Karte würde ich wieder stornieren. Eine SATA SSD ist sehr gut für Timeshift und SWAP Partition.