Also, jetzt gehts. Das Problem war, dass die Datei nicht mit Windows 7 kompatibel ist.
Ich habe dann einen Rechtsklick auf die setup.exe gemacht und dort "Behandeln von Kompatibilitätsproblemen" ausgewählt. Dort wurde dann WinXP vorgeschlagen und ich konnte diese Einstellung dann testen. Der Test war erfolgreich und das Programm wurde installiert.