Ich habe die SATA Ports mal getauscht - ohne Ergebnis.
Nun habe ich im nächsten Schritt die HDD ausgesteckt und auf dem Stick "/dev/sdb" in "/dev/sda" geändert. Zuvor habe ich alles was auf der Platte lag auf das NAS kopiert.
Nun funktioniert es wie gewünscht (Bootzeit 1:30 - 2:00 Minuten). Bleibt zwar die Frage offen, warum es mit eingebauter Platte nicht sauber funktioniert, aber damit habe ich mich mittlerweile abgefunden.
Vielen Dank für Eure Unterstützung!